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原位杂交是指；分子杂交的一种形式。由未经抽提分离的染色体DNA，在原来位置上被变性成单链后，与探针进行分子杂交。1977年由本顿(W.D.Benton)和戴维斯(R.W.Davis)在原分子杂交基础上发展的一种较新的分子杂交技术。方法是将菌落或噬菌斑转移到硝9酸纤维素滤膜上，使在原位发生溶菌后变性的DNA，同滤膜原位结合，再与有放5射性同位素标记的特定核苷酸“探针”杂交，其结果可用放5射自显影来显示，出现银粒的地方便是待测染色体DNA上与探针互补顺序所在的位置。对快速检测转化群落中的DNA序列或任何一种插入的DNA序列，以及动植物的基因定位工作，都具有广泛应用价值。(见“分子杂交”、“放5射自显影”、“影印培养技术”)

原位杂交中探针的选择

DNA探针、RNA探针和寡核苷酸探针均能通过不同的酶促分子反应进行标记。寡核苷酸探针的长度较短，因此避免了探针内部退火的问题，在杂交时的渗透能力也更好，探针与靶标的接触这是影响原位杂交是否成功的重要因素之一。DNA探针、RNA探针在合成时需要控制探针片段长度，通常300-1000bp左右，能覆盖到较长片段的靶核酸序列，增加检测的灵敏度。

杂交流程

杂交液的成分主要影响了核酸杂交的复性动力学和热稳定性。杂交液的基础成分为：Denhardt’s溶液（Ficoll，BSA，PVP），异源核酸（如鲱精3子DNA/tRNA/竞争DNA），磷酸钠，EDTA，SDS，盐离子，甲酰胺和硫酸葡聚糖，以及杂交探针。不同的应用中进行杂交温度、pH、盐离子、甲酰胺、探针浓度等条件的优化。常用的pH范围为6.5~7.5，较高的pH值有助于提高杂交的严谨性。